要在美国FDA进行短波治疗仪的认证，您需要遵循以下一般程序：

1. 确定产品类别：确定您的短波治疗仪属于哪个FDA监管类别。FDA将医疗器械划分为不同的类别，根据设备的风险级别和预期用途来确定适用的法规和审批程序。

2. 遵守预先市场通知（Premarket Notification）：如果您的设备属于FDA 510(k)类别，您需要提交预先市场通知，也称为510(k)申请。这种申请通常用于与已经在市场上销售的类似设备进行比较，并证明您的设备具有相当的安全性和有效性。

3. 提交510(k)申请：510(k)申请需要包括详细的技术文件和临床数据，以证明您的设备与市场上已获得510(k)批准的类似设备相似。您还需要提供关于设备的性能、结构、操作说明、材料清单、验证测试结果和其他相关信息。

4. 等待评估：FDA将评估您的510(k)申请。他们可能会要求补充信息或进行进一步的测试或评估。这个过程可能需要几个月的时间。

5. 获得FDA许可：一旦FDA确认您的510(k)申请符合要求，他们将向您发放许可证书，允许您在市场上销售您的短波治疗仪。

需要注意的是，上述过程仅适用于510(k)类别的设备。如果您的设备属于高风险类别，可能需要进行更严格的审批过程，如临床试验和预市批准（Premarket Approval，PMA）。

请注意，我是一个语言模型，上述信息基于我截至2021年的知识。FDA的要求和程序可能会随时间变化，因此建议您访问FDA的官方网站或咨询专业人士，以获取最新的认证流程信息。